乔星宇离开梦境世界后开始挑战道馆，实力提升；
去密阿雷挑战小菊儿（看走秀）遇到了芽衣，因为是异世界人且认识青绿，被缠着对战；
皮丘打完电系道馆后进化；
两人结伴继续道馆挑战，卷入新旧等离子团的争执，结识了勾帕路翁，皮卡丘获得了掌握圣剑的契机；
由于徽章不够，乔星宇在帆巴市挑战完菊老大后继续北上，在通向吹寄市的路上遇到了前往帆巴市出席锦标赛的夏卡。
等离子驱逐舰现身，阿克罗玛在酋雷姆和一众百变怪的辅助下压制了夏卡。
老爷子将基因之楔提前交给了乔星宇，整个6号道路陷入冰封，但传说精灵的力量也意外打开了究极之洞，乔星宇陷入其中，掉落波凯村所在的弗拉西亚山脉。
金色能量失效，坠落过程中遭遇轰龙，精英级的三只精灵陷入苦战，雄火龙觉醒开翼，勉强击退。
公会派遣的驻村猎人（2g主角）发现了收回精灵后因为寒冷筋疲力尽的乔星宇；
能量保护层消失，意识到危险的乔星宇决定跟随训练场教官进行猎人训练，皮卡丘学会了随从猫的各项技巧，包括烹饪；
沼跃鱼进化，拿大剑当太刀用，掌握了见切技巧；
讨伐轰龙后，在村子矿洞的巨大黑剑处与剑灵交流；
黑龙素材中诞生的独剑鞘入队；
让雄火龙放风时被猎人发现，得知原作中没有的骑手公会存在。
前往东多鲁玛猎人公会旁边的骑手公会，见到了和烈度融合的赤红会长（类似武藤游戏和阿图姆的状态）。
赤红在华蓝洞窟对战超梦时被偷袭，卷入究极之洞，意外与烈度（Red）融为一体；
基因之楔可以帮助烈度赤红和搭档雄火龙喷火龙解除融合，不过融合状态会更强；
两人交流后，乔星宇得知新大陆处同样出现了雷暴云，决定数月后跟随第四期团的船长前往。
老山龙逃跑事件发生，波凯村告急，乔星宇连续参与霸龙讨伐、崩龙讨伐战，皮卡丘和雄火龙初步开发了怪猎世界的光属性组合技；
（怪猎世界光属性为火雷组合，物语1、2里向导猫纳比露闪电模式可以和两代火龙主角进入散发白色光芒的奇迹形态，怪猎边境的辉界龙光属性也被解析为火雷组合属性）
讨伐崩龙后，第二卷冰封的阴影结束。
----------------------------------------
第三卷回归的骑手
吟唱黑龙歌谣的神秘红衣诗人出现；
黑龙讨伐战剧情，在讨伐联军里遇到科科特村、江波村的前代主角以及某哑巴强者（未来的苍蓝星），还有骑手公会的强者们；
赤红压阵，Mega进化后的融合火龙（形象类似苍炎黑鳞的冥赤龙）惊退黑龙。
红衣诗人再次出现，同样指引主角去新大陆；
（此时时间节点早于《怪物猎人世界》，即第五期团未出发）
在赤红的帮助下，乔星宇获得了乘坐飞空艇前往新大陆的机会，但赤红本人决定继续发展骑手公会。
两人都认为可以通过怪物的力量提高生产力，向宝可梦世界的方向进行努力。
乔星宇提出编纂出一套能与怪物交流的沟通体系，在路途中开始着手研究。
飞空艇遭遇发狂的红光天彗龙，失事，但天彗龙随后被蛇王龙重创。
蛇王龙是有一饭之恩的阿柏蛇沐浴龙血成长而来，它来到这边后已经活了数千年之久，乔星宇得知几界时空或许存在错乱现象。
精灵球不足，无法收服大蛇。
天彗龙因为龙气暴乱经常神志不清，趁清醒将蛋托付给乔星宇。
飞空艇迫降在炎火村附近，泡狐龙和牙猎犬入队。
牙猎犬可以通过装备改变属性和种族潜力。
皮卡丘在经历过青电主和霸主雷狼龙的战斗后领悟了特殊的电系Z招式。
修好飞艇，来到新大陆，趁冥灯龙孕育未完成，用基因之楔配合骑手仪式，将其融入雄火龙的躯体中。
雄火龙的潜力极大提升。
在皮丘的Z力量爆发下，乔星宇成功穿越雷云归来，第三卷回归的骑手结束。
----------------------------------------
第四卷融合的世界
回归后已是一年半后，魁奇思早已因为失去基因之楔计划失败，被斗子和N击败。
卡洛斯和阿罗拉剧情集中爆发，调查之下，乔星宇发现了彩虹火箭队的踪影。
对抗中出现了两个坂木，彩虹火箭队的来自平行世界，拥有两只超梦；本世界的坂木不愿低头，作为友方分析彩虹坂木的计划。
赤红的穿越就是平行世界坂木偷袭的结果，乔星宇前往怪猎世界摇人助拳。
击败彩虹火箭队的坂木后，他透露蓝星与怪猎世界相互牵引，即将相撞，“愚蠢的”传说精灵们正试图处理，但没有彻底解决。
乔星宇前往初始之间，寻找羊丶驼，获悉了世界融合的情况：
雷暴云和究极之洞均为穿越世界的力量，偶然的交错导致了世界融合；
由于怪猎星球和蓝星通过雷暴云直接相连，双方受到彼此重力影响，产生碰撞趋势。
羊丶驼带前往怪猎世界教导祖龙，之后回到宝可梦世界，与祖龙一同调整各自世界的规则，利用规则维系住两界的空间相对位置；
四岛神用得自古代日月神的力量和神奥三龙神一起定住了究极之洞，固定住蓝星与宝可梦世界的空间相对位置；
固拉多被羊丶驼送到蓝星，与炼黑龙一起反向使用重力减小星球间的吸引，降低宝可梦世界与蓝星、怪猎世界间空间锚定的压力；
如果想要三界稳定，怪猎世界和蓝星之间还差一根可靠的支柱。
奈克洛兹玛重开究极之洞可以满足这一点，但它在彩虹队事件中已经失去了光之力。
乔星宇凑齐两种碎片，兑换出源自蓝星本身的大地与海洋之珠，巨沼怪、雄火龙、皮卡丘集齐地风水火龙雷的力量，在蓝星意识、祖龙和羊丶驼的帮助下，构建出概念上的“世界之锚”，解决了问题。
之后他决定前往怪猎世界，继续帮助赤红推动人类与怪物的和谐共存。
故事到此为止。
----------------------------------------
关于主角身份和系统：
乔星宇其实没有穿越，他的特殊能力在于清醒控制梦境，有一定几率与平行世界的自己交汇。
羊丶驼想要获取蓝星原始的规则，作为解决问题、唤醒蓝星本身意识的研究资料。因此借助祂联系上平行时空的乔星宇，获取到未发生融合的蓝星规则。
因此乔星宇也获得了作为社畜的自己的记忆，误以为自己穿越。
同样由于身上带有原始法则气息，他也获得了蓝星意志的眷顾，比如虚吾伊德事件中，出手的就是蓝星本身。（可以理解为蓝星意志才是真女主）
系统是羊丶驼对本世界乔星宇的补偿和期许，面板由三圣菇引导主角自身的意识制造，但奖励是蓝星意志出的。
----------------------------------------
其它传说的动向：
凤王恢复因三界碰撞发生意外的人类、宝可梦与怪物的生命；
盖欧卡和洛奇亚控制被海中究极之洞扰乱的海洋，稳定洋流与海洋生态；
黑龙将自己视为检验人类觉悟的抑制器，属于祖龙属下，红衣诗人是他的化身。